Te refieres a devolverle al cliente dinero por alguna devolución del producto facturado o también al caso de cuando se le realiza un descuento posterior a la factura y posterior a haber recibido el pago en bancos ?
si es así, realizas una nota de crédito y para reflejar el pago en caso que esa nota de crédito no la vayas a conciliar con facturas que te deba te vas a Gestión de bancos>Pagos efectuados> seleccionas Cliente en lugar de proveedor y seleccionas la nota de crédito que generaste y la pagas como pagarías una factura de proveedor.
saludos !